Bacharel em Direito pela Pontifícia Universidade Católica (PUC) do Rio de Janeiro, João Pedro de Saboia também atuou como professor de Direito Penal na Universidade Estácio de Sá. Por cinco anos foi advogado-de-ofício da Justiça Militar, tendo sido agraciado com a Condecoração da Ordem do Mérito Judiciário Militar, até que, em 1985, foi aprovado em concurso e tomou posse como procurador da República de 2ª Categoria. 

Mais tarde, ele foi promovido à 1ª Categoria por merecimento, e a procurador regional da República por transformação. Durante sua trajetória profissional, o jurista exerceu diversas funções e foi encarregado do Setor de Direitos Humanos da PGR/RJ, conselheiro representante do Ministério Público Federal (MPF) no Conselho Penitenciário do Estado do Rio de Janeiro, secretário Regional da PRR/2ª Região, entre outros cargos. João Pedro foi subprocurador-geral da República entre setembro de 2004 e abril de 2024 e também oficiou junto à 1ª Turma do Superior Tribunal de Justiça (STJ).