Natural do Rio de Janeiro, ele também empenhou seus conhecimentos sobre a área ambiental em sua região natal, onde foi subsecretário de Estado de Meio Ambiente, superintendente de Meio Ambiente pelo município do Rio, chefe da Assessoria Jurídica da Fundação Estadual de Engenharia do Meio Ambiente (Feema) e assessor especial da Prefeitura do Rio na ocasião da Rio-92. 

Formado em Direito pela Pontifícia Universidade Católica (PUC) do Rio de Janeiro, Fernando Walcacer também exerceu outros cargos públicos: foi procurador-geral do município de Niterói e procurador-chefe do Centro de Estudos Jurídicos da Procuradoria Geral do Estado do Rio de Janeiro e da Procuradoria de Urbanismo e Meio Ambiente da cidade do Rio. 

No entanto, foi ao magistério que o advogado dedicou boa parte de sua vida profissional. Desde 1994, Fernando era professor adjunto da PUC-Rio, tendo se especializado na área da educação no Centro de Estudos e Pesquisas no Ensino do Direito da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (Ceped/Uerj). Na PUC, ele também foi vice-diretor do Núcleo Interdisciplinar de Meio Ambiente (Nima) e coordenador do Curso de Pós-Graduação em Direito Ambiental. Além disso, deu aulas na Escola Superior de Advocacia Pública da PGE-RJ e foi diretor da Associação de Professores de Direito Ambiental do Brasil (Aprodab).